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README.md

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 # output
 
-This model is a fine-tuned version of [michiyasunaga/BioLinkBERT-base](https://huggingface.co/michiyasunaga/BioLinkBERT-base) on the drugtemist-en-fasttext-85-ner dataset.
+This model is a fine-tuned version of [michiyasunaga/BioLinkBERT-base](https://huggingface.co/michiyasunaga/BioLinkBERT-base) on the Rodrigo1771/drugtemist-en-fasttext-85-ner dataset.
 It achieves the following results on the evaluation set:
 - Loss: 0.0077
 - Precision: 0.925

all_results.json

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eval_results.json

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predict_results.json

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predictions.txt

@@ -1,4 +1,4 @@
-O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O O O O O
@@ -512,7 +512,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -562,7 +562,7 @@ O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O
@@ -615,7 +615,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O
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+O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO O
@@ -1083,7 +1083,7 @@ O O O O
 O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
-O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O O O
+O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O
@@ -1546,7 +1546,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O
@@ -1894,7 +1894,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O B-FARMACO O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O B-FARMACO O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O O O O O B-FARMACO O O O O O O B-FARMACO O O O O O O
@@ -2262,7 +2262,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -2391,7 +2391,7 @@ O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -2443,7 +2443,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -2488,7 +2488,7 @@ O O O O O O O O
 O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
@@ -2566,7 +2566,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O
+O O O O B-FARMACO O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -2744,7 +2744,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O
@@ -2924,7 +2924,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O
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@@ -3333,7 +3333,7 @@ O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -3537,7 +3537,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O
 B-FARMACO O O O O O O O O
 B-FARMACO O O O O O O O O
-B-FARMACO O B-FARMACO O O O O O O O O O O O
+B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O
 B-FARMACO O O O O O O O O
 B-FARMACO O O O O O O O O
 B-FARMACO I-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O
@@ -3787,7 +3787,7 @@ O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O
 O O O O O O O O
@@ -3854,7 +3854,7 @@ O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O B-FARMACO I-FARMACO O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O
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 O O O O
 O O O
 O O O O
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+O O O B-FARMACO O O O O B-FARMACO O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O
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 O O O O O O
 O O O O O O O O O O
 O O O O
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 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O O O
+O O O O O O O O O O O O O O O O B-FARMACO O O B-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O
@@ -14401,7 +14401,7 @@ O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O
 O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
-O O O B-FARMACO O O O B-FARMACO O
+O O O B-FARMACO O B-FARMACO O B-FARMACO O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O
 O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O O

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+size 560

train.log

@@ -1424,3 +1424,51 @@ Training completed. Do not forget to share your model on huggingface.co/models =
 {'eval_loss': 0.007708101533353329, 'eval_precision': 0.925, 'eval_recall': 0.9310344827586207, 'eval_f1': 0.9280074314909428, 'eval_accuracy': 0.9986883598917199, 'eval_runtime': 15.1825, 'eval_samples_per_second': 457.501, 'eval_steps_per_second': 57.237, 'epoch': 10.0}
 {'train_runtime': 1889.6824, 'train_samples_per_second': 151.708, 'train_steps_per_second': 2.371, 'train_loss': 0.0030171065125614406, 'epoch': 10.0}
 
+***** train metrics *****
+  epoch                    =       10.0
+  total_flos               = 10972155GF
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+  train_samples_per_second =    151.708
+  train_steps_per_second   =      2.371
+09/09/2024 14:47:12 - INFO - __main__ -   *** Evaluate ***
+[INFO|trainer.py:811] 2024-09-09 14:47:12,879 >> The following columns in the evaluation set don't have a corresponding argument in `BertForTokenClassification.forward` and have been ignored: id, tokens, ner_tags. If id, tokens, ner_tags are not expected by `BertForTokenClassification.forward`,  you can safely ignore this message.
+[INFO|trainer.py:3819] 2024-09-09 14:47:12,881 >> 
+***** Running Evaluation *****
+[INFO|trainer.py:3821] 2024-09-09 14:47:12,881 >>   Num examples = 6946
+[INFO|trainer.py:3824] 2024-09-09 14:47:12,881 >>   Batch size = 8
+
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+***** eval metrics *****
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+  eval_steps_per_second   =     57.545
+09/09/2024 14:47:27 - INFO - __main__ -   *** Predict ***
+[INFO|trainer.py:811] 2024-09-09 14:47:27,989 >> The following columns in the test set don't have a corresponding argument in `BertForTokenClassification.forward` and have been ignored: id, tokens, ner_tags. If id, tokens, ner_tags are not expected by `BertForTokenClassification.forward`,  you can safely ignore this message.
+[INFO|trainer.py:3819] 2024-09-09 14:47:27,991 >> 
+***** Running Prediction *****
+[INFO|trainer.py:3821] 2024-09-09 14:47:27,992 >>   Num examples = 14715
+[INFO|trainer.py:3824] 2024-09-09 14:47:27,992 >>   Batch size = 8
+
  0%|          | 0/1840 [00:00<?, ?it/s]
  1%|          | 11/1840 [00:00<00:18, 101.46it/s]
  1%|          | 22/1840 [00:00<00:22, 82.01it/s] 
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+[INFO|tokenization_utils_base.py:2684] 2024-09-09 14:47:58,227 >> tokenizer config file saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/tokenizer_config.json
+[INFO|tokenization_utils_base.py:2693] 2024-09-09 14:47:58,227 >> Special tokens file saved in /content/dissertation/scripts/ner/output/special_tokens_map.json
+***** predict metrics *****
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+

train_results.json

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trainer_state.json

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